До 1219. године, Срби су били под јурисдикцијом Охридске архиепископије. Она је, територијално (мерено данашњим државама), обухватала део североисточне Грчке, јужну Албанију, Северну Македонију, Косово, ужу Србију, Срем, те северне делове Бугарске и неке централне, јужне и источне делове Румуније.
Добијањем аутокефалности, 1219, успоставља се Жичка архиепископија, која с пресељењем архиепископа у Пећ постаје Пећка архиепископија. Када је краљ Душан 1346. самоуздигао ранг цркве у патријаршију, да би имао ко да га крунише за цара, архиепископија је преименована у Пећку патријаршију. Цариградска патријаршија то није признала, поделила је анатеме, али је касније прихватила фактичко стање.
Пећка патријаршија је постојала до 1463, када је – с престанком српске државе 1459. (пад Смедерева и Деспотовине) – поново припојена Охридској архиепископији.
Османски велики везир Мехмед-паша Соколовић поново је – у оквиру османске државе – успоставио Пећку патријаршију 1557. године. Она је тад обухватала много веће територије него њена претходница. За време првог патријарха обновљене Патријаршије, Макарија, Срби су уживали веома добар положај под Османлијама, обновљени су многи манастири, добијене повластице… Но већ његов наследник, Јован (1592.), окренуо се рату с Турцима, а вршачки епископ Теодор предводио је устанике (1594.) с заставом на којој је био Свети Сава.
Турци су савладали устанике, епископ Теодор убијен, а мошти Светог Саве демонстративно спаљене на Врачару (при томе, треба знати да то НИЈЕ садашњи Врачар у Београду). Пећки патријарх Јован је 1613. обешен у Цариграду. Његов наследник Пајсије се опет поклонио Османлијама, па је цркви опет било боље. Но већ патријарх Арсеније III (1674.-1690.) поново је изабрао рат с Османским арством и сарадњу са Аустријом, па је дошло до Велике сеобе Срба.
Слично се понашао и његов имењак Арсеније IV (1725.-1735.), па је после нове сеобе Срба у Угарску, српско становништво на Космету постало мањинско. Убрзо, 1766. Порта је укинула Пећку патријаршију, сада заувек, следеће године и Охридску архиепископију, све је припојено Цариградској патријаршији, а цркву су водили епископи Грци.
У међувремену, 1690, Арсеније је у Карловцима по плану Пеште установио Митрополију (од седам епископија на територији Угарске и Хрватске), која је 1848, када је проглашено стварање Српске Војводине, самоуздигнута у ранг Патријаршије.
Од 1766. до 1880, Православна црква у Босни и Херцеговини је била под директном надлежношћу Цариградске патријаршије. Њу су водили фанариоти, грчки свештеници из Истанбула. Потом право постављања епископа добија Аустро-угарски цар, а епископи су Срби. Две приморске епархије биле су у надлежности митрополита Буковинског (Черновци, тад Румунија, сад Украјина). Епархије на КиМ и у Македонији, иако у саставу Србије од 1912. односно 1913, нису од Фанара добиле канонски отпуст до 1921.
У Црној Гори од 1766. делује аутокефална Црногорска православна црква, базирана на дотадашњој митрополији. Додуше и пре тога је упитно колико је црква у Црној Гори била везана за Пећког патријарха будући да је поглаваре цркве бирао Општецрногорски збор. Имала је само две епархије (цетињску архиепископију и захумско-рашку епархију), па је владике хиронтонисао неко од митрополита сестринских цркава. Аутокефалност ЦПЦ службено је призната у Синтагми Цариградске патријаршије 1855. Руска црква је то учинила још 1851. Под управом ЦПЦ је од освајања Метохије од Турака, 1912, била и Пећ, поставши седиште нове, Пећке митрополије ЦПЦ.
Ослобађањем Србије од Турака и стицањем аутономије, у Београду је успостављена Митрополија, 1831. године. Цариградски патријарх је у том периоду именовао епископе, на предлог српског кнеза. Начертаније о духовној власти из 1836. и данашњи српски Закон о црквама и верским заједницама препознаје као основ стицања правног субјективитета Српске православне цркве. Београдска митрополија је била аутономна до 1879, када је добила аутокефалију.
Све три аутокефалне православне цркве – Карловачка митрополија („патријаршија“), Црногорска митрополија и Београдска митрополија, као и црква у БиХ, приморју, КиМ и Македонији, после проглашења Краљевине СХС, указом регента Александра уједињене су 1920. године у патријаршију – Уједињену православну цркву Краљевине СХС. Цариградска патријаршија је то уједињење једва признала, пошто јој је исплаћен 1,5 милион франака.